W produkcji masowej, jak i w poszczególnym wytwarzaniu leków ziołowych, wykorzystywane są różne części rośliny. Może to być korzeń lub pełne systemy korzeniowe, jak np. w przypadku kozłka lekarskiego. Zazwyczaj trzon właściwy oczyszcza się z mniejszych bocznych korzeni bądź też okorowuje z brunatnego naskórka. Inną użytkowaną podziemną częścią rośliny są jej pędy. Wytarzają je m. in. zioła takie jak perz oraz tatarka.
Przeważnie zbieranym surowce są liście oraz kwiaty - sklep z olejkami konopnymi. Czasami pozytywne działanie rośliny można obniżyć zbierając, lub odcinając ogonki liściowe od blaszki. Jeżeli planujemy wykorzystać kwiatostan, również należy wcześniej dowiedzieć się, czy będziemy potrzebować całych koszyczków kwiatowych, koron czy wyłącznie płatków jak w przypadku kwiatu róży. Innymi fragmentami roślin używanymi w lecznictwie są: owoce, nasiona, pączki i kora z młodych drzew oraz krzewów. Zioła posiadają też silny zapach. Dlatego także stosuje się je do wyrobu olejków eterycznych, czy też jako wysoce cenione przyprawy kuchenne.